惑星Ziに神々の怒りと言われる大規(guī)模な地軸変動(dòng)が起こり、それによってかつて栄えていた高度な文明は壊滅した。それから數(shù)千年後。大変動(dòng)を生き延びた人々は獨(dú)自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無(wú)くてはならない存在だったが、その供給は地中や海中からの発掘に依存していた。そうした中、ゾイド発掘を?qū)熼T(mén)として生計(jì)を立てる人々が現(xiàn)れるのは當(dāng)然の流れだった。ミロード村に住むルージ?ファミロンもそういった人々の一員であり、家族の仕事を手伝って穏やかに暮らしていた。ある日、近海に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発掘を手伝っていたルージは、見(jiàn)た事の無(wú)い銀色のゾイドが村を襲撃するのを目撃する。とっさに青いライガー…ムラサメライガーに乗り込み、銀色のゾイドを撃退するルージ。しかし戦闘で村のジェネレーターが破壊されてしまい、ルージはジェネレーターを修理できる職人を探す旅に出る事になる。